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Die Pfefferminze ist eine der beliebtesten Heilpflanzen, wenngleich die übliche Lebensmittelqualität einen für die arzneiliche Anwendung meist viel zu geringen Wirkstoffgehalt aufweist. Eine befriedigende Wirkung setzt jedoch eine ausreichend hohe Dosierung voraus; daher ist Arzneibuchqualität erforderlich (unter anderem mindestens 1,2 Prozent ätherisches Öl, Lebensmittelqualität zum Teil drastisch niedriger). Wichtigster Wirkstoff ist das ätherische Öl, ferner auch Labiatengerbstoffe, Flavonoide und andere. Pfefferminze wirkt anregend auf Gallenfluss und Gallensaftproduktion, krampflösend bei Beschwerden im Magen-Darm-Bereich, antimikrobiell und antiviral. Daher wird sie bei Gallenbeschwerden (auch leichteren Gallenkoliken) und „verdorbenem Magen“ mit Erfolg eingesetzt. Das ätherische Öl wird auch zum Einreiben bei Migräne, Kopf- und Nervenschmerzen sowie zum Inhalieren bei Erkältungskrankheiten verwendet; hierbei gilt wie für alle starkriechenden ätherischen Öle: Vorsicht bei Säuglingen und Kleinkindern. Bei Erkältung steht die subjektiv wahrgenommene Kühlwirkung im Vordergrund, die als erfrischend und angenehm empfunden wird; eine messbare abschwellende Wirkung existiert nicht. Spezielle Zubereitungen, die so präpariert sind, dass sie sich erst im Darm auflösen, werden auch bei Reizdarmsyndrom angewandt. Darüber hinaus besitzen die Wirkstoffe der Pfefferminze auch einen leicht beruhigenden Effekt. Pfefferminze kommt daher auch in Tees zur Nervenberuhigung und Schlafförderung zum Einsatz.
Wenig bekannt ist, dass Beschwerden bei Sodbrennen mit starkem Säurerückfluss (Refluxösophagitis) in die Speiseröhre durch Pfefferminze verstärkt werden können.